La vampira Selene ha una missione: distruggere i licantropi. Scopre però che c'è un accordo segreto tra il capo dei vampiri Kraven e quello dei licantropi Lucian che coinvolge un essere umano, Michael. Per neutralizzare il piano Selene risveglia il nobile vampiro Viktor.
Nella secolare guerra tra Licantropi e Vampiri, a seguito degli eventi narrati nel primo Underworld, tradimenti e cospirazioni hanno portato al risveglio di Marcus, primo vampiro dal quale dipende la sopravvivenza di tutta la specie. Deciso a soffocare nel sangue il caos che imperversa tra le due razze, Marcus è in cerca della prigione segreta del fratello William, il primo tra i Lycan, bestia sanguinaria di incontrollabile potenza. Chiavi di volta dell'episodio precedente, Selene, risoluta vampira, e Michael, incrocio Lycan/Vampiro dal potenziale sconosciuto, cercheranno di ostacolare la ricerca di Marcus, accorgendosi ben presto di essere depositari del segreto inseguito dal primo vampiro.
Un millennio prima degli scontri raccontati in Underworld e Underworld: Evolution ha origine l'eterna lotta tra vampiri e lupi mannari. La storia d'amore tra Sonja e Lucian, la furiosa opposizione del temibile Viktor e l'affermazione dell'autonomia dei licantropi dalla schiavitù impostagli dai vampiri sono ciò che poi porterà agli scontri più moderni.
Nati quasi per caso come frutto di una particolare evoluzione e fioriti a partire dalla volontà dello stesso Viktor di avere una guardia personale che fosse più potente e controllabile dei semplici lupi, i licantropi acquistano autonomia guidati da Lucian, l'amante proibito di Sonja e il guerriero mitico che ha dato il via all'eterna lotta.
Dodici anni dopo l'eccidio che il genere umano ha operato contro vampiri e lycan, Selene si risveglia dalla lunga ibernazione con la quale era tenuta prigioniera dall'azienda biotecnologica Antigen e scopre di aver dato alla luce una figlia. Nata dalla relazione della madre con l'amatissimo Michael, Eve è dunque la prima giovane donna ibrida, con sangue di vampiro e di lycan co-presenti nel patrimonio genetico e poteri eccezionali ancora da scoprire. Eppure, proprio grazie a lei, anche i nemici si sono potenziati e le due si ritroveranno a combattere il più feroce antagonista della saga, un super Lycan geneticamente modificato.